Klimadelegation e.V. geht aus einer Arbeitsgruppe des Jugendbündnis Zukunftsenergie, einem Bündnis der großen Jugendumweltverbände in Deutschland, hervor. Dieses Bündnis gibt es in dieser Form heute nicht mehr. 2019 gründeten die aktiven ehrenamtlichen Mitglieder der Arbeitsgruppe den nun eigenständigen Verein Klimadelegation e.V. Die Mitglieder bleiben den ehemaligen Trägerverbänden durch einen eigens eingerichteten Beirat bis heute verbunden. Mitglieder des Beirats sind die BUND Jugend, die Katholische Landjugendbewegung (KLJB), die Naturschutzjugend (NAJU) im NABU und die Naturfreundejugend Deutschlands (NFJD).
Nach der COP26 in Glasgow 2021 wurde durch ein Rassismus-Outcalling eine große Umstrukturierung im Verein angestoßen. Die zuvor intensiv betriebene PR-Arbeit wurde vorübergehend eingestellt und der Fokus auf interne Prozesse gelegt. Dabei ist die Neuausrichtung des Vereins keinesfalls final oder abgeschlossen. Die angestoßenen Veränderungen und Diskussionen werden immer andauern und bei allen Projekten im Hintergrund eine Rolle spielen. Die Klimadelegation ist ein dynamischer Verein, der in der kurzen Vereinsgeschichte schon einige Höhen und Tiefen erlebt hat. Wir streben danach, aus unserer Geschichte zu lernen und uns stets weiterzuentwickeln.